改进分类法

《本草纲目》改变了之前上、中、下三品分类法，采用“析族区类，振纲分目”的科学分类。将药物分矿物药、植物药、动物药，又将矿物药分为金部、玉部、石部、卤部；植物药分为草部、谷部、菜部、果部、木部；动物药按低级向高级进化的顺序排列为虫部、鳞部、介部、禽部、兽部、人部。这种分类法在当时十分先进，尤其对植物的科学分类，比瑞典分类学家林奈早200年。

内容广博

《本草纲目》不仅在药物学方面成就斐然，在化学、地质、天文等方面，都有突出贡献。它在化学史上，较早地记载了纯金属、金属、金属氯化物等一系列的化学反应，还记载了蒸馏、结晶、升华、沉淀等现代化学中应用的操作方法。

纠正前人错误

《本草纲目》纠正了前人的许多错误之处，比如葳蕤和女萎，前人认为是同种药，李时珍经过鉴别确认为两种；南星与虎掌，前人认为是两种药物，实际上为同一种药物等等，另外还在书中加入了许多新的药物。

方剂完备

《本草纲目》中收载各类附方11096首，涉及内科、外科、妇科、儿科、五官科等，除其中2900多首为旧方，其余皆为新方。治疗范围以常见病、多发病为主，许多方剂既具科学性，又有简便易操作的特点，极具实用性。