二战结束之后，战争的硝烟尚未散尽，世界已陷入核威慑与意识形态的角力场。1959年古巴导弹危机前夕，美国在西亚共和国国境内部署的“木星“中程导弹系统，将这个地处黑海咽喉的国度推向了冷战最前沿。为摆脱战略被动，突破超级大国的技术封锁，在秘密研究核武器的同时，西亚国在1960年启动代号“新黎明“的尖端武器计划，其国防部特别项目局的目光，最终锁定在西部荒漠地带的死亡谷发现的变异生物样本上。
生物学家卡洛维奇的团队从沙漠狐尸体样本内分离出的RNA病毒，展现出惊人的基因重组能力：实验室恒河猴在注射后48小时内，肌纤维密度提升300%，力量速度大幅度提升，但伴随而来的是神经元异常放电导致的狂暴症状，最终因多重器官熔解性衰竭死亡，项目组将其命名V-12病原体，最高统帅部随即在阿尔扎比荒漠300米深的地下，建造了具备四级生物防护的顶级研究所。
1962年10月末，一场大暴雨让实验室电路短路导致的负压舱失效，致使病毒气溶胶通过地下水脉渗透至地表。毗邻的卡桑镇在五日内沦为死域，所有感染者瞳孔呈现独特的靛蓝色虹膜病变特征。尽管当局以“沙鼠传播的出血热“为由实施焦土封锁，但《自由先锋报》记者冒死传出的尸检报告显示：遇难者骨骼密度异常增加23%，部分残肢甚至嵌入混凝土墙体，并伴有瞳孔扩散、唾液分泌过剩等典型神经亢奋症状。这则报告引发全球哗然，国际原子能机构介入调查，最终调查报告将惨剧归咎于生物病毒实验，此次事件迫使当局永久封存了“新黎明计划”档案，并将实验室负责人卡洛维奇打入监牢。
数年后，西亚国国内宗教极端势力“新月盟“崛起之际，国家安全委员会组建了代号“科诺维恩“的黑色反恐部队。上尉潘恩作为精锐的“暗影小组“成员，在首次实战任务中深入西部荒漠——西部边陲地带的图兰村，这里发生了全村213人连带12名警员集体失踪的诡异事件。红外探测显示村庄地底存在巨型人工结构，热成像图谱中却无任何生命体征。
当战术小组突入村庄时，清真寺穹顶悬挂的铜制新月仍在风中摇晃，村中建筑完好却毫无生机，在村庄后方废弃铜矿深处，他们发现了采用液压伪装系统的升降井，升降井通向一个巨型地堡。
突击队的战术手电刺破地堡闸门的黑暗时，合金门框上凝结的有机黏液正缓缓滴落。布满精密科研设备与大型生物反应装置的核心实验区已人去楼空。内部呈现诡异撤离状态：文件粉碎机残留着“代谢加速剂-71A“药剂图纸，核心实验区的环形控制台上，全息投影还悬浮着未完成的基因序列图，而培养舱内残留的棕褐色粘液里漂浮着某种啮齿类动物的臼齿——尺寸是普通老鼠的二百倍，培养舱留有巨型野兽的抓痕。
小队在这里遭遇32名瞳孔猩红的“幸存者“，其体型异常狰狞，子弹贯穿躯干却无法阻滞其行动，最终小队仅能通过精准爆头终结这些非人的存在。在地堡最深处，这里被诡异的气氛笼罩，战术手电的光照亮了嵌满血管状肉块的合金墙壁，这里布满管道与空置培养舱，墙面的应急灯映出血渍拖行的轨迹。
随着一声诡异的闷响，一只如卡车般的啮齿生物挡住了他们的去路，同时，嘶哑的吼声从四面八方传来，村民与警察的面孔如今扭曲成嗜血的怪物，嘶吼声填满了整个空间。
在混战中，潘恩成了唯一突出重围的人，当他拖着被巨兽洞穿的右臂逃出升降井时，前来接应的直升机已经在上空盘旋，他被身穿防化服的营救人员抬上了直升机，意识涣散之际，他模糊听见无线电里提及“清理计划”和“感染样本”等字眼，他最后瞥见机舱壁的徽标，并非熟悉的军徽，而是一个尘封多年的双蛇标志…